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识别和消除歧义的临床缩写

临床文献的普遍特点是缩写的频繁使用,这给临床带来了额外的挑战自然语言处理(NLP)。识别和鉴定的缩写是一个重要的、在临床NLP具有挑战性的任务。正确识别的临床缩写需要更新数据库的缩写和其可能的含义(库存)和高效的消歧系统,可以准确地确定正确的缩写的含义在给定的上下文。
这个资助项目(实时消歧的缩写在临床指出,NLM R01LM010681)是开发一个框架,可以1)识别缩写从临床文本;2)建立合理库存的临床缩写;3)消除歧义缩写基于上下文;和4)实时编码缩写在入境时消除歧义。在这里,我们收集有用的临床缩写资源、出版物和系统/框架在一个资源页面,便于临床缩写研究。beplay苹果手机能用吗

数据集

  • 缩写数据库
    • 从uml LRABR
    • 亚当从魏周et al。
    • 12130年从伯曼JJ病理学缩写。
  • 合理分布数据库
    • 频率分布从感觉配448缩写笔记
  • 缩写感觉库存从范德比尔特出院小结
    • VABBR_DS_beta_na.txt
  • 缩写库存来自范德比尔特诊所访问notes
    • VABBR_CV_beta_na.txt

软件

这张卡片是一个框架开源框架,用于临床识别和缩写消歧(卡)。卡框架由三个主要组件:1)临床缩写识别模块;2)合理库存模块;3)缩写消歧模块。一个包装器模块是积分卡系统与现有的临床开发的NLP系统。

请遵循下面的链接下载每个组件:

  1. 临床缩写识别模块
  2. 合理库存模块
  3. 缩写感觉消歧模块
卡数据集和工具下载

缩写的资源网站
1。http://www.AcronymFinder.com
2。http://acronyms.silmaril.ie

演讲

2011年,AMIA:使用机器学习方法检测缩写
2012年,AMIA:比较研究当前临床NLP系统处理
缩写
2013年,AMIA:建立一个框架来处理临床缩写——很长
旅程缩短单词的理解
2013年,AMIA:词义消歧的临床缩写Hyperdimensional计算

出版物列表

  1. 吴Y,罗圣丹尼JC,米勒RA,摩尼,Giuse哒,徐h .检测缩写在放电使用机器学习方法总结。AMIA物质协会Proc。2011年,1541 - 9。[PMCID: PMC3243185]
  2. 徐H, AbdelRahman年代,姜米,风扇JW,黄y的初始研究临床文本使用斯坦福解析器解析。国际生物医学和卫生信息学研讨会,IEEE会议生物信息学和生物医学(BIBM),2011年。(没有PMCID)
  3. 陆徐H, AbdelRahman年代,Y,丹尼JC, Doan美国将基于语义概率上下文无关语法应用于医学语言处理,初步解析药物研究的句子。J生物医学通知2011年,44 (6):1068 - 75。[PMCID: PMC3226929]
  4. 陈Y,摩尼,徐h .主动学习应用到断言在临床文本分类的概念。J生物医学通知2012年,45 (2):265 - 272。[PMCID: PMC3306548]
  5. 陈姜米,Y,刘米,罗圣,摩尼,丹尼JC,徐h . machine-learning-based的研究方法从放电摘要提取临床实体及其断言。J是通知协会。2011年,18 (5):601 - 6。[PMCID: PMC3168315]
  6. 徐H,吴Y, Elhadad N, P斯泰森毡帽,弗里德曼c的新聚类算法检测罕见的缩写在临床笔记。J生物医学通知。2012年45 (6):1075 - 83。(PMCID待定)
  7. 徐H,斯泰森毡帽PD,弗里德曼c Corpus-derived意义资料结合临床缩写估计频率信息来消除歧义。AMIA物质协会Proc。2012年。1004 - 13 . .[PMCID PMC3540457]
  8. 江M,丹尼JC,唐B,徐曹H, H .从放电中提取语义词汇总结使用机器学习和值的方法。AMIA物质协会Proc。2012年。409-16-13,[PMCID PMC3540581]
  9. 吴Y,马列维,Micheel厘米,叶P, B,卡佩尔MJ, Cooreman SM,徐h .识别遗传病变的状态在癌症临床试验文档使用机器学习。BMC基因组学,2012年13 5 8:S21 [PMCID PMC3535695]
  10. 吴Y,罗圣丹尼JC,米勒RA, Giuse哒,徐h .当前临床自然语言处理系统的比较研究在放电处理缩写摘要。AMIA物质协会Proc。2012年。997 - 1003。[PMCID PMC3540461]
  11. Doan年代,科利尔N,徐H,范教授高清,涂MP。从放电识别药物信息总结使用分类器的集合体。BMC医学信息学和决策。2012年,12 (1):36。(PMID: 22564405)
  12. 月亮,Berster BT,徐H,科恩t .词义消歧的临床缩写hyperdimensional计算。AMIA物质协会Proc。2013年。(PMCID待定)
  13. 风扇JW,杨电子战,江泽民M,普拉萨德R, Loomis RM, Zisook DS,丹尼JC,徐H,和杨黄。临床文本句法解析:指导和语料库发展处理不合语法的句子。J是通知协会。2013年,20 (6):1168 - 77 (PMCID: PMC3822122)。
  14. 陈Y,曹H,梅婧问,郑K,徐H .应用主动学习在MEDLINE监督词义消歧。J是通知协会。2013年,20 (5):1001 - 6。[PMCID: PMC3756255]
  15. 陈Y,卡罗尔RJ,国王埃勒镇AE,丹尼JC,徐h .主动学习应用到高通量表现型电子健康记录数据的算法。J是通知协会。2013年,20 (e2): e253-9。[PMCID: PMC3861916]
  16. 唐B,吴Y,陈姜米,Y,丹尼JC,徐h .混合系统从临床文本中提取时间信息。J是通知协会。2013年,20 (5):828 - 35。[PMCID: PMC3756274]
  17. 徐魏W,克罗宁RM, H, Lasko助教,Bastarache L,丹尼JC。开发和评估一个资源连接药物适应症。J是地中海通知协会。2013年,20 (5):954 - 61。[PMCID: PMC3756263]
  18. 唐B,曹H,吴Y,徐姜米,H .认识临床实体出院摘要使用支持向量机结构和功能词表示。BMC医学信息学和决策2013,13 (1):S1。[PMCID: PMC3618243]
  19. 唐吴Y, B,姜米、月亮年代,丹尼JC,徐h .临床缩写/缩写规范化使用混合方法,2013年。谱号学报》2013年评估实验室和车间。
  20. 唐B,吴Y,江M,徐h .基于机器学习系统障碍概念提取。2013。谱号学报》2013年评估实验室和车间。
  21. 吴Y,丹尼JC,罗圣,米勒RA, Giuse D,许歌M, h .原型应用程序实时识别和消歧的临床缩写。ACM第七次国际研讨会上数据和文本挖掘在生物医学信息学(DTMBIO),2013年,美国旧金山。
  22. 吴王唐B, X, Y,姜米,王J,徐h .识别化学物质在生物医学文献使用条件随机域和结构化的支持向量机。BioCreative挑战评价研讨会2013年2卷,70年。
  23. 吴Y,丹尼JC,罗圣,米勒RA, Giuse D,许歌M, h .初步研究临床缩写实时消歧。BMC医学信息学和决策,2014年新闻
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