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Hua Xu，博士

教授兼创新副院长

Hua Xu博士是该学校的第一位创新院长，也是Uthealth Biomedical Informatics的教授。他在Uthealth指导计算生物医学中心。Xu博士的主要研究兴趣包括生物医学beplay苹果手机能用吗自然语言处理（NLP）和医疗保健数据挖掘。他是2013 - 2014年美国医学信息学协会（AMIA）NLP工作组的主席。他已经发表了100多篇经过同行评审的论文，并曾担任许多赠款的首席研究员，包括来自NIH的多个R01。In 2014, Dr. Xu was elected as a fellow to the American College of Medical Informatics.

接触

Hua.Xu@uth.tmc.edu
电话：713-500-3924
传真：713-500-3929
生物医学自然语言处理实验室

员工支持

Yukiko Bryson
电话：713-500-3992


Education

  • 生物医学信息学博士学位，2008年，哥伦比亚大学
  • MPHIL生物医学信息学，2007年，哥伦比亚大学
  • MS计算机科学，2001年，新泽西理工学院
  • BS生物化学，1998年，南京大学，南京

专业领域

  • 自然语言处理：方法，软件，应用程序
  • 基于EHR的药物结局研究：药物疗法，药物基因组学和药物重新利用
  • Healthcare analytics: quality measure, predictive modeling
  • 精密医学

资金

当前赠款：

通过EHR和信息学推进癌症药物epidemiology研究beplay苹果手机能用吗
NCI U24 CA194215 01A1（MPI -XU，Denny，Yang）
09/01/2016 - 08/31/2021

围绕参与，数据，基因组学和环境的学习伙伴关系 - 精确医学计划和研究支持核心beplay苹果手机能用吗
NIH U2C OD023196 01（PI - Denny，Uthealth分包合同PI -XU）
07/01/2016 - 06/30/2021

使用电子健康记录重新利用现有药物进行癌症治疗
CPRIT（德克萨斯州癌症预防与研究学院），新星奖（Pbeplay苹果手机能用吗I - HUA XU）
03/01/2013 - 02/28/2018

临床自然语言处理的交互式机器学习方法
NLM 2R01LM010681-05（PI - Hua Xu）
09/29/2014 - 09/28/2018

使用基于实践的数据进行药物基因组发现的信息学工具
NIGMS 1 R01 GM103859-01（PI：Denny，Pathak和Xu）
2014年9月18日 - 5/31/2018

BiocAddie：生物医学和医疗保健数据发现和索引引擎中心
NIH 1U24HL126126-01（PI - Lucila Ohno-Machado，Uthealth分包合同PI - Hua Xu）
09/29/2014 – 09/38/2017

临床和转化研究的自然语言处理beplay苹果手机能用吗
Nigms 1R01GM102282（MPI - Hongfang Liu，Serguel Pakhomov和Hua Xu）
04/01/2013 - 03/31/2017

完成赠款：

一种使用电子病历的流行病学研究的硅内方法
NCI R01CA141307（PI - Hua Xu）
2009/09/03 - 07/31/2013

临床笔记中缩写的实时歧义
NLM R01LM010681（PI - Hua Xu）
2010年5月31日 - 5/30/2013

基于信息学的华法林药物遗传学研究方法
NIH UL1 RR024975-KL2 Scholar Award (PI – Hua Xu)
2009年7月1日 - 2010年6月30日


出版物

同行评审文章 - 杂志

  1. Xu H，Aldrich MC，Chen Q，Liu H，Peterson NB，Dai Q，Levy M，Shah A，Han X，Ruan X，Jiang M，Jiang M，Li Y，Julien JS，Warner J，Warner J，Friedman C，Roden DM，Roden DM，Denny JC。使用电子健康记录验证药物重新利用信号：与癌症死亡率降低相关的二甲双胍的案例研究。J Am Med Inform Assoc。2014年，出版社。[PMCID待处理]
  2. Niadoo D, Wu AC, Brilliant MH, Denny JC, Ingram C, Kitchner TE, Linneman JG, McGeachie MJ, Roden DM, Shaffer CM, Shah A, Weeke P, Weiss ST, Xu H, Medina MW. A polymorphism in HLA-G modifiers statin benefit in asthma. The Pharmacogenomics Journal. 2014. Accepted. [PMCID pending]
  3. Gobbel GT，Garvin J，Reeves R，Cronin RM，Heavirland J，Williams J，Weaver A，Jayaramaraja S，Giuse D，Speroff T，Speroff T，Brown SH，Xu H，Xu H，Matheny ME。使用Raptat协助对医学免费文本的注释。J Am Med Inform Assoc。2014，21（5）：833-41。[PMCID PMC4147611]
  4. Sun J, Huang L, Xu H, Zhao Z. Network-assisted prediction of potential drugs for addiction. BioMed Research International. 2014, doi:10.1155/2014/258784. [PMCID pending]
  5. Tang B，Cao H，Wang X，Chen Q，Xu H.评估生物医学命名实体识别任务中的单词表示特征。国际生物研究。beplay苹果手机能用吗2014，doi：10.1155/2014/240403。[PMCID PMC5932722]
  6. Liu M，Cai R，Hu Y，Matheny ME，Sun J，Hu J，Xu H.基于结构学习，通过因果关系分析来确定不良药物反应的分子预测指标。J Am Med Inform Assoc。2014，21（2）：245-51。[PMCID：PMC3932464]
  7. Doan S，Lin KW，Conway M，Ohno-Machado L，Hsieh A，Feupeo SF，Garland A，Ross MK，Jiang X，Farzaneh S，Walker R，Alipanah N，Zhang J，Zhang J，Xu H，Kim He。Phendisco：基因型和表型数据库的表型发现系统。J Am Med Inform Assoc。2014，21（1）：31-6。[PMCID：PMC3912702]
  8. Denny JC, Bastarache L, Ritchie MD, Carroll RJ, Zink R, Mosley JD, Field JR, Pulley JM, Ramirez AH, Bowton E, Basford MA, Carrell DS, Peissig PL, Kho AN, Pacheco JA, Rasmussen LV, Crosslin DR, Crane PK, Pathak J, Bielinski SJ, Pendergrass SA, Xu H, Hindorff LA, Li R, Manolio TA, Chute CG, Chisholm RL, Larson EB, Jarvik GP, Brilliant MH, McCarty CA, Kullo IJ, Haines JL, Crawford DC, Masys DR, Roden DM. Systematic comparison of phenome-wide association study of electronic medical record data and genome-wide association study data. Nature Biotechnology. 2013 31(12):1102-10. [PMCID PMC3969265]
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  10. Wei WQ，Feng Q，Jiang L，Waitara MS，Iwuchukwu，Roden DM，Jiang M，Xu H，Krauss RM，RTTER JI，Nickerson DA，Nickerson DA，Davis RL，Berg RL，Peissig RL，Peissig PL，McCarty CA，Wilke RA，Wilke RA，Denny JC，Denny JC。在电子病历中汀类药物剂量反应的表征。Clin Pharmacol Ther。2013，95（3）：331-8。[PMCID PMC3944214]
  11. Lei J，Tang B，Lu X，Gao K，Jiang M，Xu H.中文临床文本中对命名实体识别的全面研究。J Am Med Inform Assoc。2014，21（5）：808-14。[PMCID PMC4147609]
  12. Van Driest SL，Shah A，Marshall MD，Xu H，Smith AH，McGregor TL，Kannankeril PJ。唐氏综合症儿童心脏手术后的阿片类药物使用。小儿疾病护理医学。2013，14（9）：862-8。[PMCID：PMC3830692]
  13. Fan JW，Yang EW，Jiang M，Prasad R，Loomis RM，Zisook DS，Denny JC，Xu H和Huang Yang。临床文本的句法解析：指南和语料库开发，并处理不正确的句子。J Am Med Inform Assoc。2013年，出版社。
  14. Chen Y，Carroll RJ，Shah A，Eyler AE，Denny JC，Xu H.电子健康记录数据应用主动学习对高通量表型算法。J Am Med Inform Assoc。2013年，出版社。
  15. Tang B，Wu Y，Jiang M，Chen Y，Denny JC，Xu H.从临床文本中提取时间信息的混合系统。J Am Med Inform Assoc。2013年，出版社。
  16. McCoy AB, Wright A, Eysenbach G, Malin BA, Patterson ES, Xu H, Sittig DF. State of the art in clinical informatics: evidence and examples. IMIA Yearbook of Medical Informatics. 2013, In Press.
  17. Mani S，Chen Y，Li X，Arlinghaus L，Chakravarthy AB，Abramson V，Bhave SR，Levy MA，Xu H，Yankeelov TE。用于预测乳腺癌对新辅助化疗的反应的机器学习。J Am Med Inform Assoc。2013年，出版社。
  18. Wei W，Cronin RM，Xu H，Lasko TA，Bastarache L，Denny JC。将药物与其指示联系起来的集成资源的开发和评估。J Am Med Inform Assoc。2013年，出版社。
  19. Tang B，Cao H，Wu Y，Jiang M，Xu H.使用具有单词表示特征的结构支持向量机在医院出院摘要中识别临床实体。BMC医学信息学和决策2013，13（增刊1）：S1
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  21. Wiley LK，Shah A，Xu H，Bush WS。ICD-9烟草使用代码是有效的吸烟状态识别剂。J Am Med Inform Assoc。2013年，出版社。[PMID：23396545]
  22. Liu M，McPeek Hinz ER，Matheny ME，Denny JC，Schildcrout JS，Miller RA，Xu H.在检测电子病历不良药物反应时，药物反应方法的比较分析。J Am Med Inform Assoc。2012年，出版社。[PMID：23161894]
  23. Xu H, Wu Y, Elhadad N, Stetson PD, Friedman C. A new clustering method for detecting rare sense of abbreviations in clinical notes. J Biomed Inform. 2012, 45(6):1075-83. [PMID: 22742938]
  24. Liu M，Wu Y，Chen Y，Sun J，Zhao Z，Chen X和Xu H.通过整合药物的化学，生物学和表型特性，大规模预测不良药物反应。J Am Med Inform Assoc。2012. 19（E1）：E28-E35。[PMCID：PMC3392844]
  25. Denny JC, Schildcrout JS, Bowton EA, Gregg W, Pulley JM, Basford MA, Cowan J, Xu H, Ramirez AH, Crawford DC, Ritchie MD, Peterson JF, Masys DR, Wilke RA, Roden DM. Optimizing drug outcomes through pharmacogenetics: A case for preemptive genotyping. Clin Pharmacol Ther. 2012. 92(2):235-42. [PMID: 22739144]
  26. Wu Y，Levy MA，Micheel CM，Yeh P，Tang B，Cantrell MJ，Cooreman SM，Xu H.使用机器学习确定癌症临床试验文档中遗传病变的状态。BMC基因组学。2012，13 Suppl 8：S21 [PMCID：PMC3535695]
  27. Han B，Chen XW，Talebizadeh Z，Xu H.复杂人类疾病的遗传研究：使用贝叶斯网络来表征SNP-疾病的关联。BMC Syst Biol。2012年。6补充3：S14 [PMCID：PMC3524021]
  28. Lu Y，Xu H，Peterson NB，Dai Q，Jiang M，Denny JC，LiuM。使用机器学习方法从文献中提取流行病学暴露和结果术语。Int J数据最小生物信息。2012;6（4）：447-59。[PMID：23155773]
  29. Roden DM，Xu H，Denny JC，Wilke RA。电子病历作为临床药理学的工具：机遇和挑战。Clin Pharmacol Ther。2012年4月25日。[PMID：22534870]
  30. Delaney JT，Ramirez AH，Bowton EA，Pulley JM，Basford MA，Schildcrout JS，Shi Y，Zink R，Oetjens M，Xu H，Cleator JH，Jahangir E，Ritchie E，Masys DR，Masys DR，Roden DM，Roden DM，Crawford DC，Crawford DC，Denny JC，Denny JC，Denny JC，Denny JC。使用与电子健康记录相关的DNA样品来预测氯吡格雷反应。Clin Pharmacol Ther。2012年2月; 91（2）：257-63。[PMID：22190063]
  31. Birdwell KA, Grady B, Choi L, Xu H, Bian A, Denny JC, Jiang M, Vranic G, Basford M, Cowan JD, Richardson DM, Robinson MP, Ikizler TA, Ritchie MD, Stein CM, Haas DW. The use of a DNA biobank linked to electronic medical records to characterize pharmacogenomic predictors of tacrolimus dose requirement in kidney transplant recipients. Pharmacogenet Genomics. 2012 22(1):32-42. [PMCID: PMC3237759]
  32. Ramirez AH，Shi Y，Schildcrout JS，Delaney JT，Xu H，Oetjens MT，Zuvich RL，Basford MA，Bowton EA，Jiang M，Speltz P，Speltz P，Zink R，Cowan J，Cowan J，Pulley JM，Ritchie MD，Masys M.，Crawford DC，Denny JC。使用与电子健康记录相关的DNA样品预测欧洲和非裔美国人的华法林剂量。药物基因组学。2012，13（4）：407-18。[PMCID：PMC3361510]
  33. Sun J，Xu H，Zhao Z网络辅助研究抗精神病药及其靶标。化学生物反应。2012，9（5）：900-10。[PMID：22589091]
  34. Sun J，Wu Y，Xu H，Zhao Z. DTOME：一种基于网络的药物靶向Interactome结构的工具，BMC BioInformatics。2012，13（增刊9）：57。
  35. Carroll RJ, Thompson WK, Eyler AE, Mandelin AM, Cai T, Zink RM, Pacheco JA, Boomershine CS, Lasko TA, Xu H, Karlson EW, Perez RG, Gainer VS, Murphy SN, Ruderman EM, Pope RM, Plenge RM，Kho An，Liao KP，Denny JC。在电子健康记录中鉴定类风湿关节炎的算法的可移植性。J Am Med Inform Assoc。2012年2月28日。[PMID：22374935]
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  40. Jiang M，Chen Y，Liu M，Rosenbloom ST，Mani S，Denny JC，Xu H.对基于机器学习的方法进行研究，以从排出摘要中提取临床实体及其主张。J Am Med Inform Assoc。2011，18（5）：601-6。[PMCID：PMC3168315]
  41. Xu H，Jiang M，Oetjens M，Bowton EA，Ramirez AH，Jeff JM，Basford MA，Pulley JM，Cowan JD，Wang X，Ritchie MD，Masys DR，Roden DM，Roden DM，Crawford DC，Crawford DC，Denny JC。使用电子健康记录和自然语言处理促进药物遗传学研究：华法林的案例研究。J Am Med Inform Assoc。2011;18（4）：387-91。[PMCID：PMC3128409]
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  50. Xu H，Fan JW，Hripcsak G，MendonçaEA，Markatou M，Friedman C.使用基于知识的配置文件的基因符号歧义。生物信息学，2007年23（8）：1015-1022。[PMID：17314123]
  51. Xu H，Markatou M，Dimova R，Liu H，Friedman C.生物医学领域中的机器学习和单词感官歧义：设计和评估问题。BMC生物信息学。2006;7：334。[PMCID：PMC1550263]
  52. Lee HT，Krichevsky IE，Xu H，Ota-Setlik A，D'Agati VD，Emala CW。局部麻醉药在大鼠缺血 - 再灌注损伤后恶化。Am J Physiol肾脏生理学。2004;286（1）：F111-9。[PMID：14519592]
  53. Lee HT，Xu H，Nasr SH，Schnermann J，Emala CW。缺血和再灌注后，A1腺苷受体敲除小鼠表现出增加的肾损伤。Am J Physiol肾脏生理学。2004;286（2）：F298-306。[PMID：14600029]
  54. Lee HT，Xu H，Ota-Setlik A，Emala CW。氧化剂的预处理可保护人近端管细胞通过p38 MAPK和血红素加氧酶-1保护致命的氧化剂损伤。Am J Nephrol。2003;23（5）：324-33。[PMID：12915776]
  55. Lee HT，Ota-Setlik A，Xu H，D'Agati VD，Jacobson MA，Emala CW。A3腺苷受体基因敲除小鼠受到保护，免受缺血和肌红蛋白尿引起的肾衰竭。Am J Physiol肾脏生理学。2003;284（2）：F267-73。[PMID：12388399]
  56. Lee HT，Xu H，Siegel CD，Krichevsky IE。局部麻醉剂诱导人类肾细胞凋亡。Am J Nephrol。2003;23（3）：129-39。[PMID：12586958]


同行评审文章 - 会议

  1. Tao C，Sun J，Zheng W，Chen J，Xu H，结合本体论和网络方法的药物目标预测，2014年国际生物医学本体会议（ICBO）2014年接受
  2. Chen G, Zhao J, Cohen T, Tao C, Sun J, Xu H, Bernstam E, Zeng J, Johnson A, Holla, Ann Balley V, Meric-Bernstam F and Zheng WJ, Standardized Pharmacological Class Profile in the Web Ontology Language (OWL), International Conference on Biomedical Ontologies (ICBO) 2014, accepted
  3. Jiang M，Wu Y，Shah A，Priyanka P，Denny JC，Xu H.临床文本中提取和标准化药物信息 - Medex-Uima系统。AMIA临床研究信息学峰会，beplay苹果手机能用吗2014年。
  4. Zeng J, Wu Y, Balley, A, Johnson A, Halla V, Bernstam EV, Xu H, Meric-Bernstam F. Adapting a natural language processing tool to facilitate clinical trial curation for personalized cancer therapy. AMIA Translational Bioinformatics Summit, 2014.
  5. Tang B，Wang X，Wu Y，Jiang M，Wang J，Xu H.使用条件随机场和结构化支持向量机在生物医学文献中识别化学实体。生物挑战评估研讨会2013卷。2，70
  6. 唐吴Y, B,姜米、月亮年代,丹尼JC,徐h . Clinical Acronym/Abbreviation Normalization using a Hybrid Approach. 2013. Proceedings of CLEF 2013 Evaluation Labs and Workshop.
  7. Wu Y, Denny JC, Rosenbloom ST, Miller RA, Giuse D, Song M, Xu H. A Prototype Application for Real-time Recognition and Disambiguation of Clinical Abbreviations. ACM Seventh International Workshop on Data and Text Mining in Biomedical Informatics (DTMBIO), 2013, San Francisco, USA.
  8. Tang B，Wu Y，Jiang M和Xu H.基于机器学习的系统概念提取系统。2013年。CLEF2013评估实验室和研讨会论文集。
  9. Moon S，Berster BT，Xu H，Cohen T.具有高度计算的临床缩写的单词感觉歧义。Amia Annu Symp Proc。2013年接受。
  10. Wu Y，Lei J，Wei W，Tang B，Denny JC，Rosenbloom ST，Miller RA，Giuse DA，Zhang K，Xu H.分析汉语和英语临床文本之间的差异：两种语言的跨机构比较出院摘要。Medinfo，2013年，哥本哈根，Demark。公认。
  11. Sun S.，Zhou X.，Denny JC，Rosenbloom CT，Xu H.向您的医生发送消息：通过门户系统了解患者提供者的通讯。ACM计算系统中人为因素会议论文集（SIG’CHI），2013年，法国巴黎。在新闻。
  12. Tang B，Can Can H，Wu Y，Jiang M，Xu H.使用具有丰富特征的结构支持向量机识别临床实体。ACM关于生物医学信息学数据和文本挖掘的ACM第六国际研讨会（DTMBIO），2012年，出版社。
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  19. Liu M, Kawai VK, Stein CM, Denny JC, Roden DM, Xu H. Modeling drug exposure data in electronic medical records: an application to warfarin. AMIA Annu Symp Proc. 2011, 815-23. [PMCID: PMC3243123]
  20. Wu Y，Rosenbloom ST，Denny JC，Miller RA，Mani S，Giuse DA，Xu H.使用机器学习方法检测放电摘要中的缩写。Amia Annu Symp Proc。2011，1541-9。[PMCID：PMC3243185]
  21. Xu H，Abdelrahman S，Jiang M，Fan JW，HuangY。使用Stanford Parser对临床文本进行完整解析的初步研究。国际生物医学和健康信息学研讨会，IEEE生物信息学与生物医学会议（BIBM），2011年。
  22. Xu H，Doan S，Birdwell KA，Cowan JD，Vincz AJ，Haas DW，Basford MA，Denny JC。一种自动化方法，用于计算电子健康记录中他克莫司的每日剂量。Amia Summits Transl Sci Proc。2010：71-5。[PMCID：PMC3041548]
  23. Denny JC，Speltz P，Maddox R，Stein G，Xu H，SpickardA。将医学课程中的内容覆盖范围与受训者作者的临床注释进行比较。Amia Annu Symp Proc。2010，157-161。[PMCID：PMC3041398]
  24. Doan S和Xu H.使用支持向量机识别住院摘要中与药物相关的实体。Coling 2010，第23届国际计算语言学会议，259-266。
  25. Xu H, Lu Y, Jiang M, Liu M, Denny JC, Dai Q, Peterson NB. Mining Biomedical Literature for Terms related to Epidemiologic Exposures. AMIA Annu Symp Proc. 2010, 897-901. [PMCID: PMC3041399]
  26. Fan JW，Xu H，FriedmanC。使用分布分析来对UMLS概念进行分类。在Medinfo会议录中。2007;519-23。[PMID：17911771]
  27. Xu H，Fan JW，FriedmanC。结合了基因符号歧义的多个证据。ACL 2007，BIONLP研讨会，P41-48。
  28. Xu H，Stetson P，FriedmanC。临床注释中缩写的研究。Amia Annu Symp Proc。2007;821-5。
  29. Xu，H，Anderson，K，Grann，V，Friedman，C。使用病理学报告的自然语言处理促进癌症研究。beplay苹果手机能用吗在Medinfo会议录中。2004;565-72。[PMID：15360876]


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