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Jim Zheng,博士

教授

W. Jim Zheng,博士,硕士,2013年加入uthealhealth生物医学信息学学院,担任副教授和计算生物医学中心副主任。郑博士在德克萨斯大学达拉斯分校获得计算机科学硕士学位,在德克萨斯大学西南分校获得博士学位后,他发现了一种新的酶机制[1],他的大部分职业生涯都是在工业和学术背景下的生物信息学研究。beplay苹果手机能用吗在他的早期职业生涯中,郑博士在工业领域从事生物信息学研究和开发项目,涉及功能基因组学和数据管理、基因组注释、比较beplay苹果手机能用吗基因组学和疾病相关基因组区域的基因发现。他还开发了商业基因组数据库和生物信息学软件。

郑博士的研究兴趣集中在如beplay苹果手机能用吗何整合、建模、可视化和挖掘真核基因组信息用于转化医学。他还在探索知识表示的新方法。郑博士和他的同事开发了Genome3D,这是第一个以三维[2]整合和可视化真核生物基因组的模型视图框架。他的团队还开发了本体指纹的概念,这是第一个通过挖掘生物医学文献计算开发的基因本体术语嵌入[3,4]。郑博士及其同事正在开发用于生物医学研究和疾病风险预测的各种深度学习模型。beplay苹果手机能用吗他在JAMA[5]上的一篇文章中分享了他对数据科学、信息学和人工智能的看法。采用数据驱动的方法,郑博士的团队和他的同事最近发现,在病人来源的异种移植(PDX)中广泛存在鼠病毒基因组序列。这一发现引起了对这一重要的抗癌药物开发平台质量控制的严重关注,并为完善药物开发流程提供了一些建议。

郑博士还建立并领导了癌症研究数据科学和信息学核心(beplay苹果手机能用吗DSICCR) -拥有专业知识的尖端数据科学资源,包括高通量基因组数据分析、系统生物学、电子健康记录挖掘和临床数据仓库开发。他还指导生物信息学与高性能计算服务中心-临床和转化科学中心的一部分,由NIH CTSA奖资助。

郑博士目前的转译研究包括开发新的数据挖掘方法,从生物医学文献中提取信beplay苹果手机能用吗息,用于癌症、阿尔茨海默病和其他慢性疾病的新治疗策略。郑博士是两家生物信息学期刊的编委会成员,他的研究目前得到了NIH和the Cancer Prevention and research Institute obeplay苹果手机能用吗f Texas的支持。

“在生物医学研究中,从数据生成到数据分析的范式转变为信息学家创造了大量的机会,”郑说。beplay苹果手机能用吗“通过信息学研究,将生物医学发现转化为临床实践成为可能。”beplay苹果手机能用吗


参考文献

  1. 文进郑, Stephen a . Johnston, Leemor Joshua-Tor: Gal6/博莱霉素水解酶的独特活性位点可以作为羧肽酶、氨基肽酶和肽连接酶。细胞, 93:103-109, 1998, pmid: 9546396
  2. Thomas M. Asbury, Matt Mitman, Jijun Tang,w·吉姆郑: Genome3D:一个视图模型框架,用于集成和可视化三维基因组内的多尺度表观基因组信息。BMC生物信息学, 9月2;11:444, 2010(高度访问),PMCID: PMC2941692
  3. Lam C. Tsoi, Michael Boehnke, Richard Klein,w·吉姆郑:通过本体指纹开发对全基因组关联研究结果进行评价。生物信息学25(10): 1314 - 2009。PMID: 19349285
  4. 秦婷婷,Nabil Matmati, Lam C. Tsoi, Bidyut K. Mohanty, Gao Nan, Tang Jijun, Andrew B. Lawson, Yusuf A. Hannun,w·吉姆郑:从基于本体指纹的基因网络中寻找通路调控基因。核酸的研究beplay苹果手机能用吗, 42(18):e138, 2014, PMCID: PMC4191379
  5. Lisha朱,w·吉姆郑:信息学、数据科学和人工智能《美国医学会杂志》, 320(11):1103-1104, 2018, pm10: 30326503
  6. 袁子豪,范学军,朱继光,付同明,吴佳倩,徐华,张宁燕,安志强,w·吉姆郑:患者来源的异种移植中存在鼠病毒全基因组序列。自然通讯, 12, 2031, doi:10.1038/s41467-021-22200- 5,2021, PMID: 33795676

郑博士的全部出版记录可于以下网址查阅:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/myncbi/18EP7Fevc6fkn/bibliography/48626907/public/?sort=date&direction=ascending


联系

Wenjin.J.Zheng@uth.tmc.edu
电话:713-500-3641
传真:713-500-3929

人员支持

费利西亚戴维斯
电话:713-500-3667


教育

  • 计算机科学硕士,2000年,德克萨斯大学达拉斯分校
  • 1997年德克萨斯大学达拉斯西南医学中心生物化学与分子生物学博士
  • 生物物理学硕士,1989年,武汉大学,中国武汉
  • BS,病毒学与分子生物学,1986武汉大学,武汉,中国

领域的专业知识

  • 生物信息学
  • 系统生物学
  • 基因组学
  • 生物数据挖掘
  • 生物网络
  • 生物医学本体与知识表示

链接

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