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评估小儿种群中胃肠道病原体分子拘留的实时PCR分析和液体BEDD阵列

作者:劳拉·米勒克(Laura Millecker)(2013)

主要顾问:Sriram Iyengar,博士

委员会成员:Trevor Cohen,MBCHB,博士

德克萨斯大学生物医学信息学学院的硕士论文。

抽象的:

简介:医师依靠分子技术进行传染病检测。由于对分子技术的需求也增加了,因此能够进行数据分析的软件也有所增加。有限的资源会阻碍患者结果的自动分析和电子传输,使分子技术人员手动执行数据分析。因此,数据分析软件不仅需要快速提供结果,而且还需要易于学习和用户友好。一项任务分析和用户满意度调查被用来评估德克萨斯儿童医院的分子数据分析软件应用程序的可用性和可爱性。

方法:总共获得了202个以前的正和负粪便样品,并使用Roche Lightcycler 2.0和Luminex 200仪器进行分析。计算每个面板内的目标一致性和每个面板的总体目标一致性计算敏感性,特异性,正预测值(PPV)和阴性预测值(NPV)。Cogtool和系统可用性量表分别用于对每个平台的软件进行任务分析和可用性调查。

结果:用急性细菌面板(表2),77个样品(154个目标)测试了97个样品(970个目标),并带有艰难梭菌面板(表3)和99个样品(495个目标),并带有病毒板(表)(表)4)分别产生963/970(99.3%),1301154(84.4%)和454/495(91.7%)的目标协议。所有面板的敏感性和特异性分别为155/159(97.5%)和102/114(89.5%)。Cogtool揭示了LightCycler软件需要6个步骤和9.7秒才能进行数据分析,而Luminex软件则需要5个步骤和7.5秒。LightCycler软件的SUS得分范围为67.5-80,平均为77.2。对于Luminex TDAS LSM软件,SUS得分范围从72.5-85不等,平均为79.7.79.Discussion:Luminex测定法可以通过启用多个GI病原体目标来增强德克萨斯儿童医院的当前分子测试菜单,并包括多个GI病原体目标这是备受追捧和用户友好的。

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