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出版物

2016年
  1. 王许J,吴Y, Y, J,李HJ,徐h。cd - r:系统中提取chemical-induced疾病关系的文学。数据库(牛津大学)。2016年3月25日,2016年。pii: baw036。doi: 10.1093 /数据库/ baw036。打印2016。PubMed PMID: 27016700;PubMed Central PMCID: PMC4808251。
  2. 李H,张Y,徐J、月亮年代,王J,吴Y,徐H . UTHealth semeval - 2016任务12:端到端系统时间信息提取从临床笔记。学报》10日研讨会语义评价(semeval - 2016)。2016;NIHMSID: NIHMS803355
  3. 王张Y,姜米,J,徐h .临床文本的语义角色标注:比较语法解析器和特性。AMIA……年度研讨会论文集/ AMIA研讨会。AMIA研讨会。2016;

2015年
  1. 陈Y, Lasko助教、梅问丹尼JC,徐h .主动学习方法的研究在临床的命名实体识别文本。J生物医学通知。2015年12月,58:11-8。doi: 10.1016 / j.jbi.2015.09.010。Epub 2015年9月15日。PubMed PMID: 26385377;PubMed Central PMCID: PMC4934373。
  2. 吴奈都D, AC,杰出的MH,丹尼J,英格拉姆C, Kitchner TE, Linneman詹,McGeachie MJ,登DM,沙福尔厘米,沙,Weeke P,维斯圣,徐H,麦地那兆瓦。多态性在HLA-G修改他汀类药物在哮喘中获益。药物基因组学j . 2015年6月,15 (3):272 - 7。doi: 10.1038 / tpj.2014.55。Epub 2014年9月30日。PubMed PMID: 25266681;PubMed Central PMCID: PMC4379135。
  3. 王许J,吴Y, Y, J,刘R, Q,徐h . UTH - CCB@BioCreative V CDR任务:确定Chemical-induced疾病关系在生物医学文本。进行第五BioCreative挑战评估研讨会。2015;:254。NIHMSID: NIHMS800810
  4. 吴Y,徐J,姜米,张Y,徐h .神经字嵌入的命名实体识别的研究在临床文本。AMIA物质协会Proc。2015年11月5;2015:1326-33。eCollection 2015。PubMed PMID: 26958273;PubMed Central PMCID: PMC4765694。
  5. 吴张徐J, Y, Y,王J,许董X, h .引文情绪分析在临床试验论文。AMIA物质协会Proc。2015年11月5;2015:1334-41。eCollection 2015。PubMed PMID: 26958274;PubMed Central PMCID: PMC4765697。
  6. 吴Y,姜米,Lei J,徐h .中文命名实体识别的临床使用深层神经网络文本。学生健康技术通知。2015;216:624-8。PubMed PMID: 26262126;PubMed Central PMCID: PMC4624324。
  7. 吴Y,丹尼JC,罗圣,米勒RA, Giuse哒,许歌M, h .初步研究临床缩写实时消歧。6:通知。2015年6月3;(2):364 - 74。doi: 10.4338 / aci - 2014 - 10 - ra - 0088。eCollection 2015。PubMed PMID: 26171081;PubMed Central PMCID: PMC4493336。
  8. 江M,黄Y,风扇JW,唐B,丹尼J,徐h .解析临床文本:最先进的解析器有多好?Mak BMC医学通知决策。2015;15增刊1:S2。doi: 10.1186 / 1472 - 6947 - 15 - s1 - S2。2015年5月20日Epub。PubMed PMID: 26045009;PubMed Central PMCID: PMC4460747。
  9. 徐H,奥尔德里奇MC,陈Q,刘H,彼得森NB,戴Q,利维M,沙,汉族X,阮X,姜米,李Y,朱利安JS,华纳J,弗里德曼C,登DM,丹尼JC。验证药物再利用信号使用电子健康记录:一个案例研究二甲双胍降低癌症的死亡率。J是通知Assoc。2015年1月,22 (1):179 - 91。doi: 10.1136 / amiajnl - 2014 - 002649。Epub 2014年7月22日。PubMed PMID: 25053577;PubMed Central PMCID: PMC4433365。

2014年
  1. 徐H,奥尔德里奇MC,陈Q,刘H,彼得森NB,戴Q,利维M,沙,汉族X,阮X,姜米,李Y,朱利安JS,华纳J,弗里德曼C,登DM,丹尼JC。验证药物再利用信号使用电子健康记录:一个案例研究二甲双胍降低癌症的死亡率。J是通知Assoc。2014年出版社
  2. 吴Niadoo D, AC,杰出的MH,丹尼JC,英格拉姆C, Kitchner TE, Linneman詹,McGeachie MJ,登DM,沙福尔厘米,沙,Weeke P,维斯圣,徐H,麦地那兆瓦。多态性在HLA-G修饰符他汀类药物在哮喘中获益。药物基因组学杂志》2014。接受。(PMCID待定)
  3. Gobbel GT,加文J,李维斯R,克罗宁RM, Heavirland J,威廉姆斯J,韦弗,Jayaramaraja年代,Giuse D, Speroff T,布朗SH,徐H, Matheny我。使用RapTAT辅助医学自由文本注释。J是通知Assoc。2014年,21 (5):833 - 41。[PMCID PMC4147611]
  4. 黄阳光J, L,徐H,赵z Network-assisted预测潜在的药物成瘾。生物医学研究国beplay苹果手机能用吗际。2014年,doi: 10.1155 / 2014/258784。(PMCID待定)
  5. 王曹唐B, H, X,陈问徐H .评价词表示特性在生物医学命名实体识别的任务。生物医学研究国beplay苹果手机能用吗际。2014年,doi: 10.1155 / 2014/240403。[PMCID PMC5932722]
  6. 刘米,Cai R,胡锦涛Y, Matheny我,太阳J,胡锦涛J,徐h .确定药品不良反应的分子预测与基于结构的因果关系分析学习。J是通知Assoc。2014年,21 (2):245 - 51。[PMCID: PMC3932464]
  7. Doan年代,林千瓦,康威M, Ohno-Machado L,谢长廷,Feupeo科幻,花环,罗斯•可江X, Farzaneh年代,沃克R, Alipanah N,张军,他许H,金正日。PhenDisco:表现型发现系统数据库的基因型和表型。J是通知Assoc。2014年,21 (1):31-6。[PMCID: PMC3912702]

2013年
  1. 太阳。,周X。许,丹尼JC,罗CT, h .消息到你的医生:理解Patient-Provider通信通过门户系统。ACM会议程序计算系统中人为因素(SIG 'CHI),2013年,法国巴黎。在出版社。
  2. 唐B,吴Y,陈姜米,Y,丹尼JC,徐h .混合系统从临床文本中提取时间信息。J是通知协会。2013年出版社。
  3. 摩尼年代,陈Y,李X, Arlinghaus L, Chakravarthy AB,艾布拉姆森V, Bhave SR,马列维,徐H, Yankeelov TE。机器学习预测乳腺癌新辅助化疗的反应。J是通知协会。2013年出版社。
  4. 徐魏W,克罗宁RM, H, Lasko助教,Bastarache L,丹尼JC。开发和评估一个资源连接药物适应症。J是通知协会。2013年出版社。
  5. 赵M,太阳J,赵z协作的监管网络由oncogene-driven小分子核糖核酸和浆液性卵巢癌的转录因子。分子生物系统(新闻)
  6. 赵太阳J, M, Fanous,赵z描述精神分裂症的不良药物相互作用通过网络方法和药物的分类。生物医学研究国beplay苹果手机能用吗际(新闻)
  7. Atrey R,太阳J *,赵z探索药物相互作用网络非法药物。2013年BMC基因组学(新闻)(* Co-first作者)
  8. 赵M,太阳J,赵z TSGene:肿瘤抑制基因的web资源。核酸研究。2013年41 (beplay苹果手机能用吗D1): d970 - 976

2012年
  1. 赵黄Y, Z,徐H, Shyr Y, B张(2012)聪明的生物学和医学的进步:从2012年ICIBM会议选定的论文。BMC系统生物学6 (S2): S1(新闻)
  2. 黄张赵Z, B, Shyr Y, Y,徐H, 2012年(2012年)基因组学:下一代测序时代的挑战和机遇。BMC基因组学13 (S7): S1(新闻)
  3. 张赵Z,徐H, B,黄Y(2012)聪明的生物学和医学的进步:从2012年ICIBM会议选定的论文。计算生物学和药物设计的国际期刊(IJCBDD) 5(4):(新闻)
  4. 刘米,Matheny我,胡Y,徐h .药物警戒数据挖掘方法。ACM SIGKDD探索。2012年,14 (1),35-42。
  5. 唐B、H,吴Y,徐姜米,H .临床实体识别使用支持向量机结构和丰富的功能。ACM第六国际研讨会在生物信息学数据和文本挖掘(DTMBIO)2012年出版社。
  6. 徐H,斯泰森毡帽PD,弗里德曼c corpus-derived意义资料结合临床缩写估计频率信息来消除歧义。AMIA物质协会Proc。2012年。在出版社。
  7. 吴Y,丹尼JC,罗圣,米勒RA, Giuse哒,徐h .当前临床自然语言处理系统的比较研究在放电处理缩写摘要。AMIA物质协会Proc。2012年。在出版社。
  8. 刘米,沙,Min J,彼得森NB,戴Q,奥尔德里奇MC,陈Q, Bowton EA,刘H,丹尼JC,徐H .可移植性的研究现有的跨机构吸烟状态检测模块。AMIA物质协会Proc。2012年。在出版社。
  9. 江M,丹尼JC,唐B,徐曹H, H .从放电中提取语义词汇总结使用机器学习和值的方法。AMIA物质协会Proc。2012年。在出版社。
  10. 吴Y,刘M,郑W,赵Z,徐h .排名gene-drug生物医学文献中使用潜在狄利克雷分配的关系。Pac协会Biocomput。2012:422 - 33所示。(PMID: 22174297)
  11. 刘米,海因茨McPeek呃,Matheny我,丹尼JC, Schildcrout JS,米勒RA,徐h .比较分析药品不良反应的药物警戒方法检测电子医疗记录。J是通知协会。2012年出版社。(PMID: 23161894)
  12. 徐H,吴Y, Elhadad N,斯泰森毡帽PD,弗里德曼c的新聚类方法检测罕见的缩写在临床笔记。J生物医学通知。2012年,45 (6):1075 - 83。(PMID: 22742938)
  13. 陈刘M,吴Y, Y,太阳J,赵Z,陈X,和徐h .大规模预测集化学、药物不良反应的生物和表型属性的药物。J是通知协会。2012年。19 (e1): e28-e35。[PMCID: PMC3392844]
  14. 丹尼JC, Schildcrout JS Bowton EA,葛雷格W,滑轮JM, Basford妈,考恩J,徐H,拉米雷斯啊,克劳福德,里奇博士彼得森摩根富林明,玛萨斯说,博士Wilke RA,登DM。优化药物通过药物基因学的结果:一个先发制人的基因分型。中国新药杂志。2012年。92 (2):235 - 42。(PMID: 22739144)
  15. 吴Y,马列维,Micheel厘米,叶P, B,卡佩尔MJ, Cooreman SM,徐h .识别遗传病变的状态在癌症临床试验文档使用机器学习。BMC基因组学。2012年,13 5 8:S21 [PMCID PMC3535695):
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  19. 德莱尼JT,拉米雷斯啊,Bowton EA,滑轮JM, Basford MA Schildcrout JS, Y,辛克R, Oetjens M,徐H, Cleator JH,贾汗季E,里奇博士博士玛萨斯说,登DM,克劳福德,丹尼JC。使用DNA样本预测氯吡格雷的反应与电子健康记录。中国新药杂志。2012年2月,91 (2):257 - 63。(PMID: 22190063)
  20. 徐Birdwell KA, Grady B,崔L, H,扁,丹尼JC,姜米,Vranic G, Basford M,考恩JD,理查森DM,罗宾逊MP, Ikizler助教,里奇博士斯坦厘米,哈斯DW。使用DNA生物与电子病历描述药物基因组学的他克莫司剂量需求预测肾移植受者。Pharmacogenet基因组学。2012(1):22日32-42。[PMCID: PMC3237759]
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  22. 太阳J,徐H,赵Z Network-assisted抗精神病药物及其目标的调查。化学Biodivers。2012,9 (5):900 - 10。(PMID: 22589091)
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  28. 太阳J,吴Y,徐H,赵z DTome:一个基于web的工具,药物interactome建设。BMC生物信息学。2012年13 (9):57
  29. 赵太阳J, K Jayathilake, Z, Meltzer h .调查协会的四个基因区域(GABRB3 MAOB,多环芳烃,SLC6A4)有5个症状精神分裂症。精神病学研究。2012beplay苹果手机能用吗 198 (2):202 - 206
  30. 徐J,太阳J *,陈J,执掌M,李安娜,赵Z,陈x RNA-Seq分析涉及免疫系统的失调在精神分裂症。BMC基因组学。2012 13 (5 8):S2。(* Co-first作者)
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  32. 赵M,太阳J,赵z不同监管模式和竞争卵巢癌的肿瘤抑制基因和致癌基因。《公共科学图书馆•综合》。2012 7 (8):e44175
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2011年
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  7. 陈姜米,Y,刘米,罗圣,摩尼,丹尼JC,徐h . machine-learning-based的研究方法从放电摘要提取临床实体及其断言。J是通知协会。2011年,18 (5):601 - 6。[PMCID: PMC3168315]
  8. 徐H,姜米,Oetjens M, Bowton EA,拉米雷斯啊,杰夫•JM Basford妈,滑轮JM,考恩JD,王X,里奇博士博士玛萨斯说,登DM,克劳福德,丹尼JC。促进药理遗传学研究使用电子健康记录和自然语言处理:华法林的案例研究。J是通知协会。2011;18 (4):387 - 91。[PMCID: PMC3128409]
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  10. 太阳J, Wan C,贾庆林P,莱利BP,肯德勒KS,赵z应用系统生物学的方法识别和验证GRB2作为精神分裂症的基因在精神分裂症的爱尔兰病例对照研究(可以)样本。精神分裂症研究。2011 1beplay苹果手机能用吗25 (2 - 3):201 - 208
  11. 普特南D,太阳J,赵z探索精神分裂症药物通过分子相互作用网络和通路建模。AMIA物质。计算机协会。Proc。2011 2011:1127 - 1133
  12. 夏J,太阳J,贾庆林P,赵z癌症蛋白质真的强烈的人类蛋白质相互作用网络互动?计算生物学和化学,2011 35 (3):121 - 125
  13. 龚X,太阳J,赵z胶质母细胞瘤的基因调控:小分子核糖核酸的组合分析和转录因子。Int。j .第一版。医学杂志。药物洗脱支架。2011个4 (2):111 - 126

2010年
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  4. 刘陆徐H, Y,姜米,M,丹尼JC,戴Q,彼得森NB。矿业相关的生物医学文献术语流行病学曝光。AMIA物质协会Proc。2010年,897 - 901。[PMCID: PMC3041399]
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  6. 丹尼JC,彼得森摩根富林明,口环NN,徐H,米勒RA, Bastarache L,彼得森NB。发展的一个自然语言处理系统识别时间和结肠镜检查测试电子医疗记录的状态。J是通知协会。2010;17 (4):393 - 8。[PMCID: PMC2815478]
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  9. 江魏WQ、t C、G,槽CG。一个高吞吐量的语义概念基于频率的方法对病人标识:一个案例研究使用2型糖尿病临床讲义。AMIA年会。2010;2010:857 - 61。Epub 2010年11月13日。PMID: 21347100。PMCID: 3041302。
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  11. 太阳J,赵z功能特性、生物通路集基因和蛋白质相互作用网络。化学和生物多样性。2010 7 (5):1153 - 1161
  12. 太阳J,赵z比较研究癌症的蛋白质在人类蛋白质相互作用网络。BMC基因组学。2010年11 (3):S5
  13. 太阳J,汉族L,赵z基因,以证据为基础的精神分裂症候选基因选择和基因功能分析。人工智能在医学。2010年48 (2 - 3):99 - 106
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  3. 郭*,太阳J *,莱利BP,肯德勒KS,赵z dystrobrevin结合蛋白1基因:特性和网络。《分子精神病学》2009 14:18-29。(* Co-first作者)

2008年
  1. 陈西文,Hripcsak G,徐H, Markatou M,弗里德曼c从生物医学和临床文档Disease-Drug知识的自动获取。J是通知协会。2008年,15 (1):87 - 98。[PMCID: PMC2274872]
  2. 莎拉•布拉德肖w·吉姆郑Lam c . Tsoi加里·s . Gilkeson西安张k: Fli-1在B细胞增殖的作用:对系统性红斑狼疮发病机理的影响。临床免疫学,129(1):19-30,2008年
  3. 景山黄Jiangbo见鬼,迈克尔·n . Huhns w·吉姆郑:使用人工神经网络使生物本体。BMC基因组学9增刊2:S16, 2008年
  4. 太阳J,郭PH值,莱利BP,肯德勒KS,赵z为精神分裂症候选基因:协会的调查研究和基因排序。美国医学遗传学杂志B:神经遗传学。2008 147 B (7): 1173 - 1181

2007年
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  2. 徐H,风扇JW,弗里德曼c基因结合多个证据消歧象征。2007年ACL, BioNLP车间,p41-48。
  3. 徐H,斯泰森毡帽P,弗里德曼c .缩写在临床的研究笔记。AMIA物质协会Proc。2007;821 - 5。
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