癌症基因组学中心

Oncogenomics


Cell multiplex单细胞RNA测序

细胞复用是指用分子标记标记一个细胞或细胞核样本，然后将该样本与其他标记的样本混合。这组多路样品可以在一个GEM井中一起处理。在细胞封装、文库准备和测序之后，分子标记信息就可以分配给细胞了。标签分配允许识别最初包含一个(单态)或多个细胞(多态)的液滴。被赋予单一标签的细胞被归类在一起，从生物信息学上概括了最初混合在一起的个体样本。


细胞多路复用


小区复用的主要优点包括:

  • 大大降低了每个样品的库准备成本
  • 提高了单次实验的样品吞吐量
  • 单个实验中检测到的细胞数量增加
  • 增加了单个实验中可能重复的数量
  • 在分析之前检测多联体和去除它们

样品提交需求

服务 样本类型 最少 最小细胞生存能力 最佳浓度
CellPlex-scRNA-seq 细胞 每个样本100万个细胞 ８５％ 700 - 1200细胞/ ul
  • 单细胞悬浮于含0.04%BSA的1xPBS中
  • 样品必须在下午1点前送到岩心
  • 将对细胞进行质量检查，并有权决定样品是否符合实验要求
  • 请检查堆芯(cgc@uth.tmc.edu或713-500-7933)，如果你的样本是孤立的细胞核。

服务工作流程

Cell - scrna -seq (Cell 3' v3 kit)


cellplex-scRNA-seq-single-cell


用Cell Ranger分析小区复用数据

Cell Ranger 6.0或更高版本需要分析Cell Multiplexing数据。在将多个样品放入单个GEM井之前，用CMOs进行唯一标记，从而为每个GEM井生成CMO和Gene Expression (GEX)库。使用cellranger mkfastq解复用BCL文件后，运行cellranger多管道对CMO和GEX库的合并FASTQ数据，为每个CMO获得单独的每个样本输出文件。


有用的协议

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