单细胞多体ATAC +基因表达(多体)

铬单细胞多组ATAC +基因表达提供了对同一单细胞的多组分析。同时通过铬单细胞多体ATAC +基因表达，从同一个细胞，跨越数千个细胞，描绘基因表达和开放染色质。这个管道提供了一个统一的观点，细胞的基因表达谱及其表观基因组景观。增加细胞状态的分辨率，识别差异基因表达的驱动因素，并通过同时利用两种模式发现具有相似转录谱但功能不同染色质景观的细胞。

突出了

• 利用转座酶可达染色质(ATAC)分析方法，结合表观基因组学和基因表达谱，来识别RNA-seq旁的开放染色质区域，从而倍增发现的能力
• 通过关联的转录和表观基因组分析，对细胞类型和状态有更深入的了解
• 了解基因调控网络通过连接开放染色质区域与基因表达谱在单细胞分辨率
• 用关键表达标记容易解释表观遗传谱

样品提交需求

服务	样本类型	最少	细胞核的形态	最佳浓度
Multime	核	50000年	完整的膜	联系我们获取信息

• 将单细胞悬浮在含有DTT和RNase抑制剂的1x核缓冲液中
• 样品必须在下午1点前送到岩心
• 核的质量将被检查，核有权决定样品是否符合实验要求
• 详细信息请查看核心(cgc@uth.tmc.edu或713-500-7933)。

服务工作流程

使用Cell Ranger ARC进行数据分析

Cell Multiome ATAC + Gene Expression软件套件由Cell Ranger ARC和Loupe Browser组成，用于分析染色质可达性和来自10x平台产生的相同细胞的3'基因表达数据。该套件中的一组分析管道执行样品解复用、条形码处理、开放染色质区域的识别，以及单细胞中转录本和峰值可达性的同时计数。此外，该管道还可以进行二次分析，如降维、聚类、差异分析以及峰与基因之间的特征连接，这些都有助于数据的解释。

有用的文件

• Chromium Next GEM Multiome用户指南
• 授予应用程序支持

样品制备网络研讨会

记录:https://10xgenomics.zoom.us/rec/share/WBreUC7kp8YBphiFiBm3caNY4lVREJzkGK9eH-yvgtWqHV72O9fGH50xoejM8coi.nIy34oQhfX-q8tVZ

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